1. Moeilijk te controleren en te manipuleren: Kosmische stralen komen van nature voor en hun eigenschappen zoals energie en reisrichting worden niet gemakkelijk gecontroleerd. Dit maakt het een uitdaging om ze te gebruiken voor specifieke toepassingen, in tegenstelling tot door de mens gemaakte stralingsbronnen die kunnen worden gemanipuleerd.

2. Potentiële gezondheidsrisico's: Kosmische stralen met hoge energie kunnen interageren met materie, inclusief levend weefsel, en mogelijk schade veroorzaken. Hoewel de intensiteit van kosmische stralen over het algemeen laag is, kan langdurige blootstelling, vooral op grote hoogten of in de ruimte, het risico op stralingsziekte en kanker verhogen.