Er is echter wat discussie hierover:

* Gebrek aan definitief bewijs: Er is geen overlevende documentatie van de microscoop van Janssen en de informatie over de uitvinding ervan komt uit secundaire bronnen.

* Andere kanshebbers: Sommige historici suggereren dat Cornelis Drebbel, een Nederlandse uitvinder, misschien rond dezelfde tijd een vergelijkbare microscoop heeft ontwikkeld.

Hoewel Janssen vaak wordt gecrediteerd voor de uitvinding van de samengestelde microscoop, is het belangrijk om te onthouden dat de exacte oorsprong en tijdlijn enigszins onzeker blijven.