Hier zijn enkele redenen waarom polygrafen niet als betrouwbaar worden beschouwd:

- Fysiologische reacties kunnen worden veroorzaakt door andere factoren dan bedrog. Iemand kan bijvoorbeeld angst of fysiologische veranderingen ervaren als gevolg van stress, angst of opwinding, zelfs als hij of zij niet liegt.

- Mensen kunnen worden getraind om hun fysiologische reacties te beheersen. Dit betekent dat iemand die bedreven is in bedrog de polygraaf mogelijk kan 'verslaan' door zijn ademhaling, hartslag en andere fysieke reacties te beheersen.

- Polygraafresultaten kunnen worden beïnvloed door de manier waarop de vragen worden gesteld. Als de vragen leidend of suggestief zijn, kunnen ze de kans op een vals positief resultaat vergroten (wat aangeeft dat iemand liegt terwijl dat niet het geval is).

- Polygraaf-examinatoren kunnen subjectieve oordelen vellen. De interpretatie van polygraafresultaten is vaak subjectief, wat betekent dat verschillende examinatoren tot verschillende conclusies kunnen komen over dezelfde persoon.

- Polygraafresultaten zijn in veel rechtsgebieden niet toegestaan ​​in de rechtbank. Dit komt omdat polygrafen niet als betrouwbaar genoeg worden beschouwd om als bewijsmateriaal in een rechtbank te worden gebruikt.

Ondanks deze beperkingen worden polygrafen soms nog steeds gebruikt in wetshandhavings- en veiligheidssituaties als screeningsinstrument om potentiële verdachten te identificeren of om aanvullende informatie te verzamelen. Het is echter belangrijk om te onthouden dat polygrafen geen betrouwbare leugendetector zijn en niet mogen worden gebruikt als enige basis voor het nemen van beslissingen over iemands schuld of onschuld.