Gramkleuring is het meest gebruikelijke proces dat wordt gebruikt bij het identificeren van een bacterieel organisme. Bacteriën zijn extreem klein van formaat, wat betekent dat de enige manier om ze te identificeren, is door een microscoop. Gram-kleuring is ideaal voor jonge exemplaren van bacteriën omdat ze gemakkelijker te bevlekken zijn dan volledig ontwikkelde. Gramkleuring werkt door de celwand van de bacterie bloot te stellen aan twee soorten vlekken: een violette en een rode. Een bacterie met dikkere celwanden staat bekend als grampositieve bacteriën omdat deze de eerste vlek behoudt en de tweede niet absorbeert, terwijl een gramnegatieve bacterie een dunnere celwand heeft en beide cellen absorbeert. Gram-positieve bacteriën zijn violet, terwijl gram-negatieve bacteriën roze zijn.

Moleculaire biologie

Met de opkomst van technologie kunnen biologen de moleculaire structuren van zelfs de kleinste levende organismen bestuderen, waarbij ze elk identificeren organisme op een meer empirische en wetenschappelijke manier. Moleculair biologen bestuderen het DNA van een bacterie en vergelijken het met ander DNA om te zien of er overeenkomsten zijn. Omdat het DNA het 'biologische handboek' van een levend organisme is en uniek is voor elk soort organisme, kan het identificeren ervan heel specifiek en gemakkelijk zijn.