Het Apollo-programma is vernoemd naar de Griekse en Romeinse god Apollo. Apollo was de god van muziek, poëzie, kunst, orakels, boogschieten, pest, geneeskunde, zon en licht, en kennis. Hij was ook de leider van de Olympische goden.

De naam Apollo werd gekozen voor het ruimteprogramma omdat men vond dat deze een passend symbool was voor de doelstellingen van het programma, namelijk verkenning en ontdekking. Het programma werd ook gezien als een manier om de Verenigde Staten naar een nieuw tijdperk van verlichting en vooruitgang te brengen, vergelijkbaar met de manier waarop Apollo kennis en cultuur naar de oude Grieken en Romeinen had gebracht.

Bovendien werd de naam Apollo gekozen omdat deze een sterke associatie had met ruimteverkenning. De Apollo-asteroïden zijn vernoemd naar de god, en het Griekse woord 'apollon' betekent 'vernietigen' of 'doden'. Dit werd gezien als een passende naam voor een programma dat was ontworpen om mensen de ruimte in te sturen om het onbekende te verkennen.

Uiteindelijk werd de naam Apollo gekozen omdat het simpelweg een populaire en bekende naam was. Men was van mening dat de naam zou helpen publieke steun voor het ruimteprogramma te genereren en het gedenkwaardiger zou maken.