* Koolstof (C): Vormt de ruggengraat van de alkyl- en benzylgroepen.

* Waterstof (H): Een deel van de alkyl- en benzylgroepen, evenals het ammoniumion.

* Stikstof (N): Maakt deel uit van het ammoniumion.

* Chloor (Cl): Het tegenion van het positief geladen ammoniumion.

Zo werkt het:

* Alkylgroepen: Dit zijn lange ketens van koolstof- en waterstofatomen. De specifieke alkylgroep kan variëren, waardoor verschillende soorten benzalkoniumchloride ontstaan. Veel voorkomende voorbeelden zijn dodecyl-, tetradecyl- en hexadecylgroepen.

* Benzylgroep: Dit is een benzeenring verbonden aan een methyleengroep (-CH2-).

* Ammoniumion: Dit is een stikstofatoom met vier bindingen, drie aan alkyl- of benzylgroepen en één aan een waterstofatoom. Het heeft een positieve lading.

De formule voor een typisch benzalkoniumchloride is:

[R-CH2-C6H4-CH2-N(CH3)3]+Cl-

waar:

* R is de alkylgroep (bijvoorbeeld dodecyl, tetradecyl)

* C6H4 vertegenwoordigt de benzeenring

* N(CH3)3 is het ammoniumion met drie methylgroepen eraan vast

* Cl is het chloride-tegenion

Dus in wezen is benzalkoniumchloride een combinatie van koolstof-, waterstof-, stikstof- en chlooratomen gerangschikt in een specifieke structuur.