* d-galactose (een zes-koolstofarme suiker)

* 3,6-anhydro-l-galactose (een aangepaste zes-koolstofarme suiker)

Deze agarobiose-eenheden zijn aan elkaar gekoppeld door alternatieve α- (1 → 3) en β- (1 → 4) glycosidebindingen .

Naast de belangrijkste agarobiose -structuur kan agarose ook kleine hoeveelheden andere suikers bevatten, zoals sulfaat , uonzuren , en pyruvinezuur evenals eiwitten en zouten .

De aanwezigheid van deze extra componenten kan variëren, afhankelijk van de bron van het zeewier waaruit de agarose wordt geëxtraheerd, wat resulteert in kleine variaties in de fysische eigenschappen van de agarose.