Dit is waarom:

* Alkalische oplossingen Denature DNA: Hoge pH-oplossingen (alkalisch) breken de waterstofbruggen die de twee strengen DNA bij elkaar houden, wat leidt tot enkelstrengs DNA. Hoewel dit misschien nuttig lijkt voor hybridisatie, zou het ook de sondes die in het proces worden gebruikt, ontkent, waardoor ze niet effectief zijn.

* Hybridisatie is gebaseerd op enkelstrengs DNA: Hybridisatie vindt plaats tussen complementaire enkelstrengige DNA-moleculen . Het denaturatieproces moet echter zorgvuldig worden gecontroleerd.

Dit is hoe het proces meestal werkt:

1. DNA wordt gedenatureerd: DNA wordt verwarmd tot een hoge temperatuur (meestal ongeveer 95 ° C) om de waterstofbruggen te breken en de strengen te scheiden.

2. Hybridisatie: Het gedenatureerde DNA (doel -DNA) wordt vervolgens langzaam afgekoeld, waardoor complementaire strengen sondes kunnen worden gegloeid (hybridiseren) naar de doelsequenties.

3. alkalische behandeling (optioneel): * Na* hybridisatie gebruiken sommige protocollen een milde alkalische oplossing om ongebonden sondes te verwijderen.

Daarom wordt alkalische behandeling niet gebruikt vóór hybridisatie, maar kan in bepaalde stappen na hybridisatie worden gebruikt voor het wassen en verwijderen van ongebonden sondes.