Tijdens de citroenzuurcyclus worden twee koolstofatomen verwijderd als koolstofdioxide (CO2), een afvalproduct van cellulaire ademhaling. Elke acetyl-CoA die de citroenzuurcyclus binnengaat, heeft twee koolstofatomen. Tijdens één omwenteling van de cyclus komen twee moleculen CO2 vrij. Ze dragen de koolstofatomen die in acetyl CoA zijn terechtgekomen en de atomen die oorspronkelijk deel uitmaakten van andere componenten van het citraatmolecuul.