Het elektronegativiteitsverschil tussen koolstof en waterstof is klein (0,4), maar niet nul. Dit betekent dat de C-H-bindingen in cyclohexaan enigszins polair zijn, waarbij de koolstofatomen een lichte positieve lading hebben en de waterstofatomen een lichte negatieve lading. Het totale molecuul van cyclohexaan is echter niet-polair omdat de dipolen van de C-H-bindingen elkaar opheffen. Dit komt doordat de C-H-bindingen op een symmetrische manier rond de koolstofring zijn gerangschikt, zodat de positieve ladingen van de koolstofatomen in evenwicht worden gebracht door de negatieve ladingen van de waterstofatomen.

Om te begrijpen waarom de C-H-bindingen in cyclohexaan op een symmetrische manier zijn gerangschikt, moet je rekening houden met de geometrie van het molecuul. Cyclohexaan is een ringvormig molecuul, waarbij de koolstofatomen in een zeshoek zijn gerangschikt. De waterstofatomen zijn afwisselend aan de koolstofatomen gebonden, zodat elk koolstofatoom aan twee waterstofatomen is gebonden. Deze rangschikking van de atomen creëert een zeer symmetrisch molecuul, waarbij de C-H-bindingen in alle richtingen wijzen.

De symmetrie van het cyclohexaanmolecuul zorgt ervoor dat de dipolen van de C-H-bindingen elkaar opheffen. Dit komt doordat de positieve ladingen van de koolstofatomen gelijkmatig over de ring zijn verdeeld, en de negatieve ladingen van de waterstofatomen ook gelijkmatig over de ring zijn verdeeld. Dit betekent dat er geen netto dipoolmoment is voor het molecuul als geheel, en dus is cyclohexaan niet-polair.