Membraangebonden organellen:

* Kern: Eukaryotische cellen hebben een echte kern, omsloten door een dubbel membraan, dat het genetische materiaal van de cel (DNA) bevat. Prokaryoten hebben geen kern en hun DNA bevindt zich in een gebied dat de nucleoïde wordt genoemd en dat niet membraangebonden is.

* Mitochondriën: Dit zijn de krachtcentrales van de cel, die verantwoordelijk zijn voor het opwekken van energie door middel van cellulaire ademhaling. Prokaryoten hebben geen mitochondriën.

* Endoplasmatisch reticulum (ER): Een netwerk van membranen dat een rol speelt bij de eiwitsynthese, het lipidenmetabolisme en de ontgifting. Prokaryoten hebben geen ER.

* Golgi-apparaat: Een stapel afgeplatte membraangebonden zakjes die eiwitten en lipiden verwerken en verpakken. Prokaryoten missen een Golgi-apparaat.

* Lysosomen: Deze organellen bevatten enzymen die cellulaire afvalproducten afbreken en vreemde materialen opnemen. Prokaryoten missen lysosomen.

* Peroxisomen: Kleine organellen die vetzuren afbreken en schadelijke stoffen ontgiften. Prokaryoten missen peroxisomen.

Andere kenmerken:

* Cytoskelet: Een netwerk van eiwitvezels dat structurele ondersteuning biedt en beweging binnen de cel mogelijk maakt. Prokaryoten hebben een eenvoudiger cytoskelet.

* Groter formaat: Eukaryotische cellen zijn over het algemeen veel groter dan prokaryotische cellen.

* Lineair DNA: Eukaryotisch DNA is lineair en georganiseerd in chromosomen. Prokaryotisch DNA is circulair.

* Complexere celdeling: Eukaryotische cellen ondergaan mitose en meiose voor celdeling. Prokaryoten delen zich door binaire splijting.

Deze verschillen weerspiegelen de evolutionaire geschiedenis van eukaryotische en prokaryotische cellen. Er wordt gedacht dat eukaryotische cellen zijn geëvolueerd uit prokaryotische cellen via een proces dat endosymbiose wordt genoemd. Bij dit proces was betrokken dat de ene prokaryotische cel de andere overspoelde, wat leidde tot de ontwikkeling van organellen zoals mitochondriën en chloroplasten.

Samenvattend zijn eukaryotische cellen complexer en gecompartimentaliseerder dan prokaryotische cellen, met gespecialiseerde membraangebonden organellen en een uitgebreider cytoskelet. Deze verschillen hebben het mogelijk gemaakt dat eukaryote cellen evolueren naar een breed scala aan organismen, waaronder planten, dieren, schimmels en protisten.