1. Injectie van genetisch materiaal: De faag injecteert zijn genetisch materiaal (DNA of RNA) in de bacterie.

2. Replicatie: Het genetische materiaal van de faag neemt de cellulaire machinerie van de bacterie over en gebruikt deze om zichzelf te repliceren, waardoor nieuwe faagcomponenten ontstaan.

3. Montage: De nieuw gesynthetiseerde faagcomponenten worden samengevoegd tot nieuwe fagen.

4. Lyse: De nieuw samengestelde fagen zorgen er vaak voor dat de bacteriecel lyseert (openbarst), waardoor de nieuwe fagen vrijkomen om andere bacteriën te infecteren.

Er zijn twee hoofdtypen faaginfectiecycli:

* Lytische cyclus: De faag repliceert snel en vernietigt de gastheercel, zoals hierboven beschreven.

* Lysogene cyclus: Het DNA van de faag integreert in het genoom van de gastheerbacterie en wordt een profaag. De profaag kan vele generaties inactief blijven, maar kan later in de lytische cyclus terechtkomen en lysis veroorzaken.

Over het algemeen is het doel van de bacteriofaag, na hechting, zichzelf te repliceren met behulp van de hulpbronnen van de gastheerbacterie. Dit kan het onmiddellijk lyseren van de cel inhouden (lytische cyclus) of het integreren van het genetische materiaal in het genoom van de gastheer (lysogene cyclus).