* Bacteriën: Dit zijn eencellige organismen die geen kern en andere membraangebonden organellen hebben. Ze hebben een breed scala aan metabolische mogelijkheden en zijn te vinden in bijna elke omgeving op aarde.

* Archaea: Dit zijn eencellige organismen waarvan oorspronkelijk werd gedacht dat het bacteriën waren, maar waarvan nu bekend is dat ze verschillend zijn. Ze worden vaak aangetroffen in extreme omgevingen, zoals warmwaterbronnen, zoutmeren en diepzeeopeningen.

Hoewel zowel bacteriën als archaea prokaryoten zijn, hebben ze een aantal belangrijke verschillen:

* Celwandsamenstelling: Bacteriën hebben peptidoglycaan in hun celwanden, terwijl archaea dat niet hebben.

* Membraanlipidenstructuur: Bacteriën hebben vetzuren in hun celmembranen, terwijl archaea isoprenoïden hebben.

* Genexpressie: De machines die worden gebruikt voor genexpressie (transcriptie en vertaling) in archaea lijken meer op eukaryoten dan op bacteriën.

* Metabolische diversiteit: Archaea heeft unieke metabolische routes, waaronder methanogenese en het vermogen om zwavel als energiebron te gebruiken.

Deze verschillen benadrukken de enorme evolutionaire diversiteit binnen de prokaryotische wereld.