Het definiëren van soorten in eubacteriën (ook bekend als bacteriën) is een complex en gedebatteerd onderwerp. Er is geen enkele, universeel geaccepteerde definitie, in tegenstelling tot eukaryoten waar het concept van biologische soorten (gebaseerd op interbreedte) kan worden toegepast. Dit komt omdat bacteriën zich aseksueel reproduceren en genetisch materiaal horizontaal kunnen overbrengen, waardoor het traditionele concept van "kruising" minder relevant is.

Hier zijn enkele belangrijke concepten die worden gebruikt bij het definiëren van bacteriesoorten:

* Concept van fylogenetische soorten: Dit concept is gebaseerd op het groeperen van organismen op basis van hun evolutionaire relaties, zoals afgeleid uit genetische gegevens. Bacteriesoorten worden gedefinieerd als monofyletische lijnen, wat betekent dat ze een gemeenschappelijke voorouder delen en verschillen van andere lijnen. Dit is de meest gebruikte benadering, maar het kan een uitdaging zijn om de grenzen van een soort te definiëren op basis van genetische gelijkenis alleen.

* fenotypische soortenconcept: Dit richt zich op waarneembare kenmerken, waaronder morfologie (vorm), fysiologie (metabolisme) en biochemische eigenschappen. Deze benadering is echter beperkt omdat veel bacteriën vergelijkbare eigenschappen delen en een significante fenotypische variatie kunnen vertonen, zelfs binnen een enkele soort.

* Ecologische soortenconcept: Dit definieert soorten op basis van hun ecologische niche, wat betekent dat de middelen die ze gebruiken en hun interacties met de omgeving. Deze benadering erkent dat bacteriën verschillende ecologische niches kunnen bezetten, zelfs als ze genetisch vergelijkbaar zijn.

* Concept van genomische soorten: Dit concept richt zich op het algemene genetische gehalte van een bacterie. Het maakt gebruik van technieken zoals DNA-DNA-hybridisatie en genoomsequencing om het hele genoom van verschillende stammen te vergelijken. Een afsluitpunt wordt vervolgens gebruikt om soorten te definiëren op basis van een bepaald niveau van genetische gelijkenis.

Het is belangrijk om te onthouden dat:

* Er is geen enkele definitie van een bacteriesoort die universeel wordt geaccepteerd.

* Verschillende definities kunnen leiden tot verschillende classificaties, afhankelijk van welke kenmerken worden benadrukt.

* Het gebruik van meerdere bewijslijnen, waaronder fylogenetische, fenotypische, ecologische en genomische gegevens, is cruciaal voor een uitgebreid begrip van bacteriële diversiteit.

Uiteindelijk is het definiëren van bacteriesoorten een constant evoluerend proces naarmate ons begrip van bacteriediversiteit en evolutie verbetert.