De eerste classificatiesystemen, zoals die van Aristoteles, vooral gericht op dieren en planten . Ze waren grotendeels gebaseerd op waarneembare kenmerken en micro -organismen waren gewoon te klein om met het blote oog te worden gezien.

Daarom micro -organismen , inclusief bacteriën, schimmels, protisten en virussen, ontbraken van deze vroege classificaties.

Het was alleen met de uitvinding van de microscoop in de 17e eeuw dat wetenschappers deze microscopische organismen begonnen te ontdekken en classificeren.