Dit is waarom:

* Vroege aarde was een genverdelingssoep: In de begindagen van het leven op aarde was de omgeving enorm anders. Organismen waren eenvoudiger en celmembranen waren meer permeabel. Dit zorgde voor de vrije uitwisseling van genetisch materiaal tussen verschillende lijnen, zelfs over domeinen.

* de lijnen van afkomst vervagen: HGT is de overdracht van genetisch materiaal tussen organismen die niet direct gerelateerd zijn door afkomst. Dit proces vervaagt de lijnen van traditionele afkomst, waardoor het moeilijk is om de evolutionaire geschiedenis van een gen of organisme te traceren.

* gecompliceerde evolutionaire geschiedenissen: HGT introduceert complexe evolutionaire relaties, waarbij een gen in één organisme mogelijk afkomstig is van een compleet andere lijn. Dit maakt het moeilijk om de levensboom uitsluitend te reconstrueren op gensequenties.

samenvatten: Hoewel verticale genoverdracht (van ouder naar nakomelingen) de primaire manier van overerving is, was HGT een belangrijke factor in de vroege evolutie van het leven op aarde. Het bemoeilijkt de inspanningen om de evolutionaire relaties tussen de drie domeinen (bacteriën, archaea en eukarya) aanzienlijk te begrijpen.