Hoewel veel organellen te klein zijn om te worden gezien met een lichtmicroscoop, zijn sommige zichtbaar met de juiste kleuring en vergroting. Hier zijn enkele voorbeelden:

Zichtbaar met een lichtmicroscoop:

* Nucleus: Dit is de grootste en meest prominente organel in de meeste cellen. Het verschijnt als een dichte, bolvormige structuur.

* nucleolus: Een donkerder gebied in de kern die verantwoordelijk is voor de productie van ribosoom.

* mitochondria: Deze bonenvormige organellen worden vaak de "krachtpatsers van de cel" genoemd omdat ze verantwoordelijk zijn voor cellulaire ademhaling. Ze kunnen worden gezien als langwerpige structuren met interne plooien die cristae worden genoemd.

* chloroplasten (in plantencellen): Deze zijn verantwoordelijk voor fotosynthese. Ze verschijnen als groene, schijfvormige structuren.

* vacuolen (in plantencellen): Deze grote, met vloeistof gevulde sacs zijn verantwoordelijk voor het opslaan van water en andere materialen. Ze kunnen een groot deel van het volume van de cel opnemen.

* celwand (in plantencellen): Een stijve buitenlaag die de cel ondersteuning en structuur biedt. Het kan worden gezien als een dikke, heldere laag rond het celmembraan.

Zichtbaar met een elektronenmicroscoop:

* ribosomen: Deze kleine structuren zijn verantwoordelijk voor eiwitsynthese. Ze kunnen worden gezien als kleine korrels verspreid over het cytoplasma.

* endoplasmatisch reticulum (ER): Een netwerk van onderling verbonden membranen dat een rol speelt bij eiwit- en lipidesynthese. De ER kan worden gezien als een reeks onderling verbonden buizen en zakjes.

* Golgi -apparaat: Een stapel afgeplatte zakken die eiwitten en lipiden wijzigt en verpakt. Het verschijnt als een reeks gestapelde, schijfvormige structuren.

* lysosomen: Dit zijn membraangebonden SAC's die enzymen bevatten die cellulair afvalproducten afbreken. Ze verschijnen als kleine, bolvormige structuren.

* peroxisomen: Kleine, membraangebonden organellen die enzymen bevatten die betrokken zijn bij verschillende metabole reacties, waaronder ontgifting.

Het is belangrijk op te merken dat de zichtbaarheid van organellen afhankelijk is van verschillende factoren, waaronder het type cel, de gebruikte kleurtechniek en de vergroting van de microscoop.