1. aanwezigheid van een kern:

* prokaryotische cellen: Missen een echte kern. Hun genetisch materiaal (DNA) bevindt zich in een gebied dat de nucleoid wordt genoemd, dat niet wordt ingesloten door een membraan.

* eukaryotische cellen: Bezitten een goed gedefinieerde kern ingesloten door een nucleair membraan, waarbij hun DNA is georganiseerd in chromosomen.

2. Organellen:

* prokaryotische cellen: Gebrek aan membraangebonden organellen zoals mitochondria, Golgi-apparaat, endoplasmatisch reticulum en lysosomen. Ze hebben eenvoudiger interne structuren.

* eukaryotische cellen: Heb een complexe interne organisatie met een verscheidenheid aan membraangebonden organellen die gespecialiseerde functies uitvoeren.

3. Grootte:

* prokaryotische cellen: Over het algemeen veel kleiner dan eukaryotische cellen.

* eukaryotische cellen: Aanzienlijk groter, waardoor complexere interne structuren en processen mogelijk zijn.