Het is echter belangrijk op te merken dat de classificatie van organismen in koninkrijken een ietwat verouderd systeem is. Moderne classificatiesystemen hebben, zoals het drie-domeinsysteem, het traditionele systeem van vijf kingdom vervangen. In het drie-domeinsysteem zijn prokaryoten verdeeld in twee domeinen: bacteriën en archaea .

Dus, hoewel "Monera" soms nog steeds wordt gebruikt om te verwijzen naar prokaryoten, is het nauwkeuriger om te zeggen dat prokaryoten tot de domeinenbacteriën en Archaea behoren.