1. Membraangebonden organellen: Eukaryotische cellen hebben een complexe interne structuur met verschillende membraangebonden organellen, zoals de kern, mitochondriën, endoplasmatisch reticulum, Golgi-apparaat en lysosomen. Deze organellen compartimenteren cellulaire functies en zorgen voor efficiëntere en gespecialiseerde processen. Prokaryotische cellen daarentegen missen deze organellen en hun functies worden uitgevoerd door het plasmamembraan en cytoplasma.

2. Een echte kern: Eukaryotische cellen hebben een goed gedefinieerde kern ingesloten door een dubbel membraan genaamd de nucleaire envelop. De kern herbergt het genetische materiaal van de cel, DNA, in de vorm van chromosomen. Prokaryotische cellen missen een echte kern en hun DNA bevindt zich in een gebied dat de nucleoid wordt genoemd, dat niet wordt ingesloten door een membraan.