Hoewel er ook enkele schimmels, virussen en archaea in de darm zijn, vormen bacteriën de overgrote meerderheid (geschat op triljoenen bacteriën). Deze bacteriën behoren tot duizenden verschillende soorten, met de meest voorkomende phyla:

* bacteroidetes: Deze bacteriën spelen een rol bij het afbreken van complexe koolhydraten en het produceren van vetzuren met korte ketens.

* firmicutes: Deze bacteriën zijn betrokken bij de productie van vitamines en de afbraak van voedingsvezels.

* Actinobacteria: Deze bacteriën dragen bij aan de ontwikkeling van het immuunsysteem en helpen bij het absorptie van voedingsstoffen.

* Proteobacteria: Hoewel sommige proteobacteriën gunstig zijn, kunnen anderen pathogeen zijn en bijdragen aan darmontsteking.

De specifieke samenstelling van de darmflora varieert van persoon tot persoon, beïnvloed door factoren zoals genetica, dieet, levensstijl en medicijnen.