1. Beperkte post-translationele wijzigingen: Bacteriën missen de complexe machines gevonden in eukaryotische cellen voor post-translationele modificaties (PTM's). Deze modificaties, zoals fosforylering, glycosylatie en acetylering, zijn cruciaal voor de juiste vouwen, stabiliteit en functie van veel eiwitten. Deze beperking kan de productie van eiwitten belemmeren die deze wijzigingen voor activiteit vereisen.

2. Potentieel voor toxiciteit: Sommige eiwitten, vooral die met cytotoxische of immunogene eigenschappen, kunnen schadelijk zijn voor de bacteriële gastheercellen wanneer ze op hoge niveaus worden uitgedrukt. Dit kan leiden tot verminderde eiwitproductie of zelfs celdood, waardoor het een uitdaging is om grote hoeveelheden van het gewenste eiwit te verkrijgen.

These limitations are not insurmountable, but they need to be considered when designing and implementing bacterial gene expression systems.