In 1665 gebruikte hij een microscoop om een dun stuk kurk te onderzoeken. Hij observeerde kleine, doosachtige compartimenten, die hij "cellen" noemde omdat ze hem aan de cellen in een klooster deden denken.

Hoewel hij niet echt levende cellen zag, betekende zijn ontdekking een belangrijke mijlpaal in het begrip van de plantenstructuur en leidde hij tot verdere verkenning van de cellulaire wereld.