Carl Woese stelde voor om bacteriën en archaea in afzonderlijke domeinen te scheiden in plaats van alleen koninkrijken vanwege baanbrekende ontdekkingen in de moleculaire biologie, met name de analyse van ribosomaal RNA (rRNA). Dit is waarom:

1. RRNA -analyse onthulde fundamentele verschillen:

* evolutionaire afstand: Woese's analyse van rRNA -sequenties toonde aan dat archaea net zo verschilde van bacteriën als ze uit eukaryoten waren. Dit impliceerde dat deze drie groepen al heel vroeg in de geschiedenis van het leven afwijken van een gemeenschappelijke voorouder.

* Unieke functies: Archaea bleken unieke kenmerken te bezitten die niet worden gedeeld door bacteriën, zoals verschillende celwandstructuren en een unieke set metabole routes. Dit ondersteunde verder hun afzonderlijke afkomst.

2. Het traditionele systeem van vijf kingdom was onvoldoende:

* OVERSPLICATIE: Het vijf-kingdom-systeem (Monera, Protista, Fungi, Plantae, Animalia) gegroepeerde bacteriën en Archaea samen als "monera" op basis van hun prokaryotische aard. Deze classificatie weerspiegelt niet nauwkeurig de enorme evolutionaire verschillen tussen deze groepen.

* Fylogenetische relaties: Het werk van Woese onthulde dat het vijf-kingdom-systeem niet goed de echte fylogenetische relaties tussen organismen vertegenwoordigt. Het was tijd voor een robuuster en nauwkeuriger classificatiesysteem.

3. Introductie van het drie-domein systeem:

* Verfijnde classificatie: Het onderzoek van Woese leidde tot de oprichting van het drie-domeinsysteem, waarbij bacteriën, archaea en eukarya werden herkend als de fundamentele takken van het leven. Dit weerspiegelde de evolutionaire geschiedenis en de diversiteit van het leven nauwkeuriger.

* Foundation for Future Research: Het drie-domeinsysteem bood een nieuw kader voor het begrijpen van de oorsprong en evolutie van het leven, het beïnvloeden van toekomstig onderzoek in microbiologie, genetica en evolutiebiologie.

In wezen toonde het baanbrekende onderzoek van Woese de diepe evolutionaire kloof tussen bacteriën en archaea aan, waardoor het noodzakelijk was om verder te gaan dan de beperkingen van het traditionele vijf-kingdom-systeem. Het drie-domeinsysteem, nog steeds algemeen geaccepteerd vandaag, biedt een meer accurate en inzichtelijke classificatie van het leven op aarde.