1. Sugar: RNA bevat ribosesuiker, terwijl DNA deoxyribose -suiker bevat. Het verschil ligt in aanwezigheid van een hydroxylgroep (-OH) op de 2 'koolstof van ribose, terwijl deoxyribose deze hydroxylgroep mist. Dit maakt RNA minder stabiel dan DNA.

2. Bases: Zowel RNA als DNA gebruiken adenine (A), guanine (G) en cytosine (C). RNA gebruikt echter uracil (u) in plaats van thymine (t) gevonden in DNA.

3. Structuur: DNA bestaat meestal als een dubbele helix, met twee antiparallelle strengen bij elkaar gehouden door waterstofbruggen tussen complementaire basen. RNA kan enkelstrengs zijn of complexe secundaire structuren vormen. Het vouwt vaak in unieke vormen, waardoor diverse functies mogelijk zijn dan alleen het dragen van genetische informatie.