Er is geen enkele wetenschappelijke naam voor een micro-organisme. "Micro-organisme" is een algemene term die verwijst naar elk organisme dat te klein is om met het blote oog te zien, inclusief:

* bacteriën: bijv. *Escherichia coli*

* virussen: bijv. *Influenza -virus*

* Fungi: bijv. *Candida albicans*

* protozoa: bijv. *Plasmodium falciparum*

* algen: bijv. *Chlamydomonas reinhardtii*

Elk van deze groepen heeft zijn eigen wetenschappelijke classificatiesysteem met specifieke namen voor individuele soorten.