Het is echter belangrijk op te merken dat de classificatie van monera verouderd is. Moderne taxonomie verdeelt nu prokaryoten in twee verschillende domeinen:

* bacteriën: Dit domein omvat de meeste prokaryoten die we in het dagelijks leven tegenkomen, zoals die in bodem, water en onze eigen lichamen.

* archaea: Dit zijn eencellige organismen die vaak leven in extreme omgevingen zoals warmwaterbronnen, zoutmeren en diepzeeopeningen.

Dus, terwijl "Monera" vroeger alle prokaryoten omvatte, is het nauwkeuriger om te zeggen dat prokaryoten nu worden ingedeeld in bacteriën en archaea .