Dit is waarom:

* bacteriën behoren tot de domeinbacteriën (voorheen Kingdom Monera). Protista is een koninkrijk binnen het domein eukarya.

* protisten zijn eukaryotische organismen. Dit betekent dat ze een kern en andere membraangebonden organellen in hun cellen hebben.

* bacteriën zijn prokaryotische organismen. Ze missen een kern en andere membraangebonden organellen.

Dus hoewel zowel bacteriën als protisten microscopische organismen zijn, zijn ze fundamenteel verschillend in hun cellulaire structuur en evolutionaire geschiedenis.