* phylum sarcomastigophora: Dit phylum omvat amoebas, die beweegt met behulp van pseudopodia en flagellaten, die flagella gebruiken voor beweging.

* phylum apicomplexa: Dit zijn parasitaire protozoën met een complexe levenscyclus, waarbij vaak meerdere gastheren betrokken zijn. Voorbeelden zijn Plasmodium, de oorzaak van malaria.

* phylum ciliophora: Deze protozoën gebruiken cilia voor beweging en voeding. Ze hebben complexe structuren en zijn te vinden in verschillende aquatische omgevingen.

* phylum microspora: Dit phylum bestaat uit obligate intracellulaire parasieten die een breed scala aan gastheren kunnen infecteren, waaronder mensen.

Hoewel dit de belangrijkste phyla zijn, zijn er ook andere phyla die minder vaak worden bestudeerd of geaccepteerd, zoals phylum myxozoa en phylum ascetospora .

Het is belangrijk om te onthouden dat de classificatie van protozoën voortdurend evolueert en nieuwe informatie kan leiden tot veranderingen in het gevestigde systeem.