Aceto-orceïne is een essentiële kleurstof die vaak wordt gebruikt om chromosomen in zowel plantaardige als dierlijke cellen te kleuren. Het heeft een hoge affiniteit voor DNA vanwege zijn basale aard en kan selectief binden aan de fosfaatgroepen van de DNA-skelet. Wanneer ze worden gekleurd met aceto-orceïne, vertonen chromosomen een karakteristiek gestreept uiterlijk, met afwisselend donkere (heterochromatine) en lichte (euchromatine) banden. Dit bandpatroon is cruciaal voor cytogenetische studies, omdat het de identificatie en karakterisering van individuele chromosomen mogelijk maakt.

Aceto-orceïnekleuring is een eenvoudige en veelzijdige techniek die kan worden toegepast op zowel mitotische als meiotische chromosomen. Het wordt veel gebruikt in de cytologie, genetica en plantenveredeling voor karyotype-analyse, chromosoomidentificatie en de detectie van chromosomale afwijkingen of herschikkingen.