De microscoop wordt op verschillende wetenschappelijke gebieden voor veel verschillende doeleinden gebruikt. Of het nu in de forensische wetenschap is of in de traditionele medische wetenschap, de microscoop is een onmisbaar instrument.
Weefselanalyse

Het is gebruikelijk dat histologen cellen en weefsels bestuderen met behulp van de microscoop. Als een stuk weefsel bijvoorbeeld voor analyse wordt genomen, kunnen histologen een microscoop gebruiken in combinatie met andere hulpmiddelen om te bepalen of het monster kanker is.
Onderzoek van forensisch bewijsmateriaal

Bewijs verzameld op een plaats delict kan informatie bevatten die niet zichtbaar is voor het blote oog. Striations in kogels kunnen bijvoorbeeld onder een microscoop worden onderzocht om te zien of ze overeenkomen met kogels die met een bepaald pistool zijn geschoten.
Bepaling van de gezondheid van een ecosysteem

Het is gebruikelijk dat veldbiologen de gezondheid van een bepaald ecosysteem, zoals een stroom, door microscopen te gebruiken om het aantal en de diversiteit van organismen in een bepaald gebied in de tijd te identificeren.
Onderzoek naar de rol van een eiwit in een cel

Onderzoeks wetenschappers vinden van onschatbare waarde wanneer ze de functie van eiwitten in cellen bestuderen. Met de technologie van vandaag kunnen veel eiwitten worden gelabeld met een label en worden bestudeerd in levende cellen.
Atoomstructuren bestuderen

Krachtige microscopen zoals atoomkrachtmicroscopen hebben wetenschappers geholpen bij het bestuderen van de oppervlakken van individuele atomen. >