Science >> Wetenschap >  >> nanotechnologie

Onderzoek toont aan hoe DNA-moleculen nanoporiën passeren

DNA-moleculen bewegen zich door nanoporiën onder een aangelegde spanning, een fenomeen dat fundamenteel is voor DNA-sequencing en andere toepassingen in de nanobiotechnologie. Ondanks veel experimentele en computationele onderzoeken blijft het gedetailleerde mechanisme van DNA-translocatie onduidelijk. Hier hebben we langdurige atomistische moleculaire dynamica-simulaties gebruikt in combinatie met translocatie-experimenten om de ontrafelende dynamiek op te helderen. Uit simulaties blijkt dat de translocatie van een enkel DNA-molecuul wordt gemedieerd door een collectieve dynamiek van meerdere basenparen die samenwerken met het oppervlak van de nanoporie. De ontritsingsdynamiek vertoont intermitterende uitbarstingen, wat leidt tot de translocatie van DNA-basen met een stapgrootte van 0,34 nm, wat de helft is van de dubbelstrengige DNA-afstand. Deze bevinding lost het al lang bestaande debat op over de vraag of de translocatiestapgrootte van DNA 0,34 nm of 0,68 nm is. Onze resultaten onthullen de atomistische details van het translocatiemechanisme en geven inzicht in het ontwerp van op nanoporiën gebaseerde apparaten voor DNA-analyse en -manipulatie.