Agaat is een variëteit van chalcedony , dat is een microkristallijne vorm van silica . Silica is voornamelijk samengesteld uit siliciumdioxide (SiO2) .

Hier is de uitsplitsing:

* silicium (si) heeft een atoomnummer 14 .

* zuurstof (O) heeft een atoomnummer 8 .

De samenstelling van Agate is voornamelijk siliciumdioxide, maar het kan ook kleine hoeveelheden andere elementen bevatten, zoals ijzer, mangaan en aluminium, die het zijn verscheidenheid aan kleuren geven.