Het is belangrijk om te begrijpen dat het traditionele systeem van vijf koninkrijken (Monera, Protista, Fungi, Plantae, Animalia) niet het meest nauwkeurige classificatiesysteem in de moderne microbiologie is. Dit is waarom:

* Focus op cellulaire structuur: Het systeem van vijf koninkrijken is voornamelijk afhankelijk van zichtbare kenmerken zoals de celstructuur (bijvoorbeeld de aanwezigheid van een kern) en de wijze van voeding. Dit systeem houdt de enorme diversiteit en evolutie van micro-organismen niet adequaat vast.

* Vooruitgang in fylogenie: Met de vooruitgang in moleculaire technieken zoals DNA-sequencing hebben we ontdekt dat veel micro-organismen, gegroepeerd op basis van uiterlijke kenmerken, eigenlijk heel ver verwant zijn.

* De opkomst van domeinen: Het systeem met drie domeinen (Bacteria, Archaea, Eukarya) wordt nu algemeen aanvaard als een nauwkeurigere weerspiegeling van evolutionaire relaties.

Dit is hoe de vijf koninkrijken zich verhouden tot de moderne microbiologie:

* Monera (Bacteriën en Archaea): Dit koninkrijk is het meest relevant voor de microbiologie. Het omvat de overgrote meerderheid van de micro-organismen die in het veld zijn bestudeerd. Moderne classificatie verdeelt bacteriën en archaea echter in verschillende domeinen.

* Protista: Dit koninkrijk omvat een diverse groep van voornamelijk eencellige eukaryotische organismen, waaronder algen, protozoa en slijmzwammen. Sommige protisten worden bestudeerd in de microbiologie, vooral degenen die ziekten veroorzaken of ecologisch belang hebben.

* Schimmels: Schimmels zijn eukaryote organismen die een cruciale rol spelen bij de afbraak en de kringloop van voedingsstoffen. Hoewel sommige schimmels macroscopisch zijn, zijn veel schimmels microscopisch klein, waardoor ze relevant zijn voor de microbiologie.

* Plantae en Animalia: Deze koninkrijken omvatten voornamelijk meercellige organismen en zijn minder direct relevant voor de studie van micro-organismen. Microbiologen bestuderen echter interacties tussen micro-organismen en planten en dieren (bijvoorbeeld symbiose, ziekte).

In essentie:

* Microbiologie richt zich primair op Bacteriën , Archaea , en bepaalde groepen van Protista , en Schimmels .

* Het systeem van vijf koninkrijken is verouderd en geeft de relaties tussen micro-organismen niet nauwkeurig weer.

* Het systeem met drie domeinen geeft een nauwkeuriger beeld van de evolutionaire geschiedenis van het leven op aarde.