1. Fossil Record: Fossielen bieden direct bewijs van eerdere levensvormen en hun veranderingen in de tijd. Door de morfologie en leeftijd van fossielen te bestuderen, kunnen wetenschappers de lijn van soorten traceren en gemeenschappelijke voorouders identificeren. De ontdekking van overgangsfossielen zoals archeopteryx, met zijn mix van vogel- en reptielenfuncties, ondersteunt bijvoorbeeld de evolutionaire link tussen vogels en dinosaurussen.

2. Moleculair bewijs (DNA en RNA): De genetische code van levende organismen biedt een krachtig hulpmiddel voor het begrijpen van evolutionaire relaties. Door DNA- en RNA -sequenties te vergelijken, kunnen wetenschappers overeenkomsten en verschillen tussen soorten identificeren. Nauw verwante soorten delen meer genetische overeenkomsten, wat een recente gemeenschappelijke voorouder suggereert. Deze benadering heeft een revolutie teweeggebracht in ons begrip van evolutionaire relaties en heeft bijgedragen aan het verfijnen van de classificatie van het leven.

3. Vergelijkende anatomie en embryologie: Het vergelijken van de anatomische structuren en ontwikkelingspatronen van organismen kan overeenkomsten en verschillen onthullen die wijzen op evolutionaire relaties. Bijvoorbeeld, de aanwezigheid van homologe structuren, zoals de voorpoten van zoogdieren, vogels en reptielen, suggereert dat ze zijn geëvolueerd van een gemeenschappelijke voorouder. Evenzo ondersteunen overeenkomsten in de embryonale ontwikkeling, zoals de aanwezigheid van kieuwspleten in vroege gewervelde embryo's, het idee dat deze soorten een gemeenschappelijke afkomst delen.