Prokaryotische cellen zijn eenvoudige cellen die de complexe membraangebonden organellen missen die in eukaryotische cellen worden gevonden. Hier zijn enkele structuren niet gevonden in prokaryoten:

* Nucleus: Prokaryoten missen een echte kern. Hun DNA bevindt zich in een gebied dat de nucleoid wordt genoemd, dat niet wordt ingesloten door een membraan.

* mitochondria: Prokaryoten hebben geen mitochondria, de krachtpatsers van eukaryotische cellen. Ze genereren energie door cellulaire ademhaling, maar dit gebeurt in het celmembraan.

* endoplasmatisch reticulum (ER): Prokaryoten missen de ER, een netwerk van membranen die betrokken zijn bij eiwitsynthese en lipidenmetabolisme in eukaryoten.

* Golgi -apparaat: Prokaryoten hebben geen Golgi -apparaat, dat betrokken is bij de verpakking en het wijzigen van eiwitten in eukaryotische cellen.

* lysosomen: Prokaryoten missen lysosomen, die organellen zijn die verantwoordelijk zijn voor het afbreken van cellulair afval in eukaryotische cellen.

* chloroplasten: Prokaryoten hebben, met uitzondering van cyanobacteriën, geen chloroplasten, de locaties van fotosynthese in eukaryotische cellen.

* centrioles: Prokaryoten missen centriolen, die betrokken zijn bij celdeling in eukaryotische cellen.

Samenvattend missen prokaryoten alle membraangebonden organellen in eukaryotische cellen. Hun genetisch materiaal bevindt zich in de nucleoïde en ze voeren energieproductie en andere essentiële processen in het celmembraan en cytoplasma uit.