Dit is waarom:

* Prokaryoten zijn een enkel domein: Het drie-domein classificatiesysteem, voorgesteld door Carl Woese, herkent drie primaire lijnen van evolutionaire afkomst:

* bacteriën: Traditionele prokaryoten.

* archaea: Aanvankelijk beschouwd als extreme bacteriën, maar nu als onderscheidend.

* eukarya: Alle organismen met een kern (planten, dieren, schimmels, protisten).

* domeinen zijn het hoogste niveau van classificatie: Onder domeinen zijn koninkrijken, phyla, klassen, bestellingen, families, geslachten en soorten.

Waarom zijn bacteriën en archaea gescheiden?

Hoewel zowel bacteriën als archaea prokaryoten zijn (zonder een kern en andere membraangebonden organellen), zijn ze op verschillende fundamentele manieren verschillend:

* Celwandsamenstelling: Bacteriën hebben peptidoglycan in hun celwanden, terwijl Archaea dat niet doet.

* membraanlipiden: Archaea heeft unieke lipiden in hun celmembranen, waardoor ze beter bestand zijn tegen extreme omgevingen.

* Genexpressie: Archaea delen enkele overeenkomsten met eukarya in hun genetische machines en genexpressiemechanismen.

* Metabole paden: Archaea hebben unieke metabole paden, waaronder sommige waarmee ze kunnen gedijen in extreme omgevingen zoals warmwaterbronnen en zoutmeren.

Kortom: Hoewel zowel bacteriën als archaea prokaryotisch zijn, rechtvaardigen hun verschillen in celstructuur, metabolisme en evolutionaire geschiedenis hun scheiding in verschillende domeinen.