Dit is waarom:

* DNA is een dubbelstrengs molecuul: Elke streng bestaat uit een sequentie van nucleotiden (adenine, guanine, cytosine en thymine).

* regels voor basisparen: Adenine (A) paren altijd met thymine (T) en guanine (G) paren altijd met cytosine (C). Dit wordt complementaire basisparen genoemd.

* Hybridisatie: Een gelabelde sonde, die een korte enkelstrengige DNA-sequentie is, kan binden aan zijn complementaire sequentie binnen een langer DNA-molecuul (het doelgen) door deze basispaar interacties.

In wezen "herkent" de sonde- en doelgene elkaar op basis van hun complementaire nucleotidesequenties, waardoor ze kunnen binden. Dit vormt de basis van verschillende technieken zoals Southern -blotting, PCR en DNA -microarrays, die afhankelijk zijn van hybridisatie voor detectie en analyse.