* membraangebonden organellen: Eukaryotische cellen hebben een complexe interne structuur met membraangebonden organellen zoals de kern, mitochondriën, endoplasmatisch reticulum, Golgi-apparaat, lysosomen en vacuolen. Deze organellen compartimenteren cellulaire functies en zorgen ervoor dat gespecialiseerde processen efficiënt optreden. Prokaryotische cellen missen deze organellen en hebben een eenvoudigere interne structuur.

* Nucleus: Eukaryotische cellen hebben een goed gedefinieerde kern ingesloten door een dubbel membraan genaamd de nucleaire envelop. De kern bevat het genetische materiaal (DNA) van de cel georganiseerd in chromosomen. Prokaryoten missen een echte kern; Hun DNA bevindt zich in een gebied dat de nucleoid wordt genoemd, dat niet wordt ingesloten door een membraan.

* Cytoskeleton: Eukaryotische cellen hebben een complex cytoskelet samengesteld uit microtubuli, microfilamenten en tussenliggende filamenten. Het cytoskelet biedt structurele ondersteuning, vergemakkelijkt celbeweging en helpt bij het organiseren van interne componenten. Prokaryotische cellen hebben een eenvoudigere cytoskeletstructuur, bestaande uit eiwitten zoals FTSZ, die betrokken zijn bij celdeling.

* groter formaat: Eukaryotische cellen zijn over het algemeen groter dan prokaryotische cellen. Dit is deels te wijten aan de aanwezigheid van membraangebonden organellen, die het totale celvolume vergroten.

* lineair DNA: Eukaryotisch DNA is georganiseerd in lineaire chromosomen en wordt geassocieerd met histon -eiwitten om chromatine te vormen. Prokaryotisch DNA is typisch cirkelvormig en wordt niet geassocieerd met histonen.

* Seksuele reproductie: Eukaryotische cellen reproduceren seksueel, waarbij de fusie van gameten (sperma en ei) betrokken is om nakomelingen te produceren met genetische diversiteit. Prokaryoten reproduceren aseksueel, voornamelijk door binaire splijting.

* Meer complexe cellulaire processen: Eukaryotische cellen hebben meer complexe processen, waaronder een meer geavanceerd systeem voor eiwitsynthese en een breder scala aan metabole routes.

Deze verschillen weerspiegelen de grotere complexiteit van eukaryotische cellen, die in staat zijn om een breder scala aan functies uit te voeren en zich aan te passen aan diverse omgevingen.