* mitochondria: De krachtpatser van de cel. Het grootste deel van de ATP (energievaluta van de cel) wordt hier geproduceerd via de elektrontransportketen en oxidatieve fosforylering . Dit proces maakt gebruik van zuurstof om glucose af te breken en energie te genereren.

* cytoplasma: De vloeistof die de cel vult. De beginfasen van aerobe ademhaling, glycolyse , komen voor in het cytoplasma. Glycolyse breekt glucose af in pyruvaat, dat vervolgens wordt getransporteerd naar de mitochondria.

Hoewel deze twee organellen de primaire locaties zijn voor aerobe ademhaling, is het vermeldenswaard dat sommige stappen van het proces, zoals de conversie van pyruvaat naar acetyl-CoA, voorkomen in de mitochondriale matrix, de ruimte ingesloten door het binnenmembraan.