Hoewel er enkele uitzonderingen zijn (sommige RNA -moleculen kunnen werken als enzymen, ribozymen genoemd), zijn de overgrote meerderheid van enzymen eiwitten.

Dit is waarom:

* Structuur: Eiwitten hebben complexe driedimensionale structuren waarmee ze specifieke actieve locaties kunnen vormen. Deze actieve plaatsen zijn waar het enzym bindt aan zijn substraat en een specifieke chemische reactie vergemakkelijkt.

* specificiteit: Eiwitten kunnen zeer specifiek zijn in hun functie, bindend aan alleen bepaalde substraten en het katalyseren van specifieke reacties. Deze specificiteit is cruciaal voor de precieze regulatie van biochemische processen in cellen.

* katalytische activiteit: De aminozuursequentie van een eiwit bepaalt zijn vorm en daarom zijn katalytische activiteit. De opstelling van aminozuren in de actieve plaats zorgt voor specifieke interacties met het substraat, waardoor de vorming van een overgangstoestand wordt bevorderd en de activeringsenergie van de reactie wordt verlaagd.

Dus, terwijl andere moleculen een rol kunnen spelen in biochemische reacties, zijn enzymen voornamelijk gemaakt van eiwitten.