1. Pigmenten:

* chlorophyta (groene algen): Bezitten chlorofyl A en B, waardoor ze een groene kleur krijgen.

* Phaeophyta (bruine algen): Bevat chlorofyl A en C, evenals carotenoïden, waardoor ze een bruine kleur krijgen.

* Rhodophyta (rode algen): Heb chlorofyl A en phycobilines, die blauw en groen licht absorberen, waardoor ze rood lijken.

2. Opslagproducten:

* Groene algen: Bewaar voedsel als zetmeel.

* bruine algen: Bewaar voedsel als laminarine en mannitol.

* rode algen: Bewaar voedsel als Floridean zetmeel.

3. Celwandsamenstelling:

* Groene algen: Heb celwanden gemaakt van cellulose.

* bruine algen: Celwanden bevatten algin, cellulose en fucoxanthine.

* rode algen: Celwanden hebben een mix van cellulose, agar en carrageen.

4. Flagella:

* Groene algen: Sommigen hebben flagella, anderen niet.

* bruine algen: Hebben meestal geflagelleerde reproductieve cellen.

* rode algen: Flagella is in de meeste afwezig.

5. Reproductie:

* Groene algen: Reproduceer zowel seksueel als aseksueel.

* bruine algen: Hebben complexe levenscycli met zowel seksuele als aseksuele fasen.

* rode algen: Reproduceer voornamelijk seksueel, met sommige soorten die aseksuele reproductie vertonen.

6. Morfologie:

* Groene algen: Kan eencellig, koloniaal, filamenteus of meercellulair zijn.

* bruine algen: Meestal multicellulair, met enkele bereikende gigantische maten (bijv. Kelp).

* rode algen: Voornamelijk meercellig, vaak verschijnen als delicate, vertakte filamenten of vellen.

7. Habitat:

* Groene algen: Gevonden in een breed scala aan habitats, waaronder zoetwater, zout water en zelfs op het land.

* bruine algen: Voornamelijk mariene, vaak gevonden in koude, voedingsrijke wateren.

* rode algen: Meestal marien, maar sommigen kunnen gedijen in zoet water en zelfs op het land.

Het is belangrijk op te merken dat dit slechts enkele van de belangrijkste kenmerken zijn die worden gebruikt voor het classificeren van plantachtige protisten. Er zijn veel andere factoren die kunnen worden gebruikt om onderscheid te maken tussen verschillende groepen algen. Het classificatiesysteem evolueert voortdurend naarmate nieuwe ontdekkingen worden gedaan en er nieuwe inzichten worden verkregen.