Protozoa werden traditioneel geclassificeerd als een phylum binnen het Kingdom Protista, maar recent onderzoek heeft aangetoond dat ze een polyfyletische groep zijn , wat betekent dat ze geen enkele gemeenschappelijke voorouder delen. Dit betekent dat ze geen natuurlijke groepering zijn en opnieuw zijn geclassificeerd in verschillende phyla op basis van evolutionaire relaties.

In plaats van een enkel phylum zijn protozoa nu verspreid over verschillende phyla in het Koninkrijksprotista, waaronder:

* amoebozoa: Amoebas

* foraminifera: Foraminiferans

* ciliophora: Ciliates

* apicomplexa: Apicomplexans

* radiolaria: Radiolarians

* diplomonadida: Diplomonads

* parabasalida: Parabasalids

Er is dus geen enkele wetenschappelijke naam voor "phylum protozoa" omdat het niet langer een geldig phylum is in de moderne classificatie. In plaats daarvan zijn de verschillende groepen die eerder waren geclassificeerd als protozoa, nu verspreid over meerdere verschillende phyla in de Kingdom Protista.