Endosmotische stroom verwijst naar de beweging van oplosmiddel (meestal water) door een semipermeabel membraan als reactie op een elektrische potentiaalgradiënt. In de context van elektroforese kan endosmotische stroming optreden wanneer een elektrisch veld wordt aangelegd over een gel of membraan dat geladen deeltjes bevat.

Wanneer een elektrisch veld wordt aangelegd, zullen positief geladen deeltjes (kationen) in de gel of het membraan naar de negatieve elektrode (kathode) bewegen, terwijl negatief geladen deeltjes (anionen) naar de positieve elektrode (anode) zullen bewegen. Deze beweging van geladen deeltjes creëert een verschil in osmotische druk tussen de twee zijden van het membraan. De kant van het membraan die de hogere concentratie kationen bevat, zal een hogere osmotische druk hebben dan de kant die de hogere concentratie anionen bevat.

Als gevolg van dit verschil in osmotische druk zullen watermoleculen van de kant van het membraan met de lagere osmotische druk naar de kant met de hogere osmotische druk bewegen. Deze beweging van watermoleculen wordt endosmotische stroming genoemd.

Endosmotische stroming kan verschillende effecten hebben op de elektroforetische scheiding van geladen deeltjes. Ten eerste kan het ervoor zorgen dat de deeltjes sneller of langzamer bewegen dan wanneer er geen endosmotische stroming zou zijn. Ten tweede kan het de richting van de beweging van deeltjes veranderen. Ten derde kan het ervoor zorgen dat de deeltjes zich meer of minder verspreiden dan wanneer er geen endosmotische stroming zou zijn.

De effecten van endosmotische stroming op de elektroforetische scheiding kunnen worden gecontroleerd door de samenstelling van de gel of het membraan en de sterkte van het elektrische veld te manipuleren.