De energie die verloren gaat in een magnetronoven bestaat voornamelijk uit warmte. Microgolven zijn een vorm van elektromagnetische straling en wanneer ze in wisselwerking staan ​​met voedsel, zorgen ze ervoor dat de watermoleculen in het voedsel gaan trillen. Deze trilling genereert warmte, waardoor het voedsel gaar wordt. Een deel van de microgolven wordt echter ook door de wanden van de oven geabsorbeerd en omgezet in warmte, die verloren gaat aan de omgeving. Bovendien kan een deel van de microgolven via de deur van de oven ontsnappen, wat eveneens tot energieverlies leidt.