Dit is waarom:

* zure kleurstoffen zijn negatief geladen moleculen. Dit komt omdat ze zure groepen (zoals carboxylgroepen, -coo) bevatten die waterstofionen (H+) in oplossing afgeven, waardoor het kleurstofmolecuul negatief geladen blijft.

* bacteriële cellen hebben een enigszins negatief geladen celoppervlak vanwege de aanwezigheid van negatief geladen moleculen zoals fosfolipiden en eiwitten in hun celmembraan.

* tegengestelde kosten trekken aan. Daarom worden de negatief geladen zure kleurstoffen afgestoten door het negatief geladen bacteriële celoppervlak.

Daarom worden zure kleurstoffen niet typisch gebruikt voor het kleuren van bacteriecellen. Ze worden vaker gebruikt voor het vlekken achtergronden In microscopie creëert het creëren van een contrasterende kleur die de bacterie gemakkelijker te zien maakt.

daarentegen dragen basiskleurstoffen (zoals methyleenblauw en kristalviolet) een positieve lading en worden gemakkelijk aangetrokken tot het negatief geladen bacteriële celoppervlak, waardoor ze de cellen effectief kunnen bevlekken.