chemicaliën die worden gebruikt bij DNA -extractie:

1. Lysisbuffer:

* functie: Breekt open cellen en geeft DNA vrij.

* componenten:

* wasmiddel: Verstoort celmembranen (bijv. SDS, Triton X-100).

* zout: Helpt bij het neutraliseren van geladen moleculen en stabiliseert DNA (bijv. NaCl).

* Tris -buffer: Handhaaft pH voor optimale enzymactiviteit.

* EDTA: Chelatiemiddel dat bindt aan tweewaardige kationen zoals magnesium, waardoor DNA -afbraak door DNases wordt voorkomen.

2. Proteinase K:

* functie: Digests eiwitten, inclusief histonen die binden aan DNA.

* mechanisme: Een serineprotease dat peptidebindingen binnen eiwitten splitst.

* Doel: Verwijdert eiwitten die kunnen interfereren met DNA -isolatie en zuivering.

3. Fenol/chloroform:

* functie: Scheidt DNA van eiwitten en ander cellulair puin.

* mechanisme: Fenol denatures eiwitten en maakt ze onoplosbaar, terwijl chloroform fungeert als een denaturant en helpt om de waterige en organische fasen te scheiden.

* Procedure: Na krachtig schudden scheidt het mengsel zich in drie lagen:

* Bovenste laag:waterige fase die DNA bevat.

* Middelste laag:interfase met gedenatureerde eiwitten.

* Onderste laag:organische fase die fenol/chloroform bevat.

* DNA wordt teruggevonden uit de waterige laag.

4. Ethanol/isopropanol:

* functie: Neerslaat DNA uit oplossing.

* mechanisme: DNA is oplosbaar in water maar onoplosbaar in ethanol of isopropanol. Wanneer toegevoegd, verminderen deze alcoholen de oplosbaarheid van DNA, waardoor het uit oplossing neerslaat.

* Procedure: Na het toevoegen van ethanol of isopropanol wordt het mengsel gecentrifugeerd om de DNA -pellet te verzamelen.

5. TE Buffer:

* functie: Resuspends en slaat DNA op na extractie.

* componenten:

* Tris -buffer: Handhaaft pH voor optimale DNA -stabiliteit.

* EDTA: Chelatiemiddel dat DNases remt.

* Doel: Zorgt ervoor dat DNA intact blijft en beschermd tegen afbraak tijdens opslag.

6. RNase A:

* functie: Verwijdert RNA -besmetting.

* mechanisme: Een enzym dat specifiek RNA afbreekt.

* Doel: Zorgt voor een puur DNA -monster voor stroomafwaartse toepassingen zoals PCR of sequencing.

Opmerking: Sommige protocollen kunnen andere chemicaliën zoals guanidinehydrochloride of guanidine -thiocyanaat gebruiken voor lysis of silicakolommen voor DNA -binding en zuivering in plaats van fenol/chloroform.