1. Membraangebonden kern: Prokaryoten missen een echte kern. Hun DNA bevindt zich in een gebied dat de nucleoïde wordt genoemd en dat niet wordt omsloten door een membraan.

2. Membraangebonden organellen: Prokaryoten missen andere membraangebonden organellen zoals mitochondria, Golgi-apparaat, endoplasmatisch reticulum, lysosomen, enz. Deze organellen zijn verantwoordelijk voor specifieke functies in eukaryoten, en prokaryoten vertrouwen in plaats daarvan op eenvoudigere structuren en processen.

3. Cytoskelet: Prokaryoten missen een complex cytoskelet gemaakt van microtubuli en microfilamenten, dat structurele ondersteuning biedt en beweging bij eukaryoten vergemakkelijkt.

4. Interne compartimentering: Prokaryoten missen over het algemeen een uitgebreide interne compartimentering, wat betekent dat hun cytoplasma niet door membranen in verschillende functionele gebieden wordt verdeeld.

5. Lineaire chromosomen: Prokaryotisch DNA is doorgaans circulair en bevindt zich in het nucleoïdegebied. Eukaryotisch DNA is lineair en georganiseerd in chromosomen in de kern.

6. Complexe celdeling: Prokaryoten planten zich ongeslachtelijk voort door middel van binaire splitsing, een eenvoudiger proces dan de mitotische en meiotische deling die bij eukaryoten wordt aangetroffen.

7. Groter formaat: Prokaryoten zijn doorgaans veel kleiner dan eukaryotische cellen.

Naast deze structurele verschillen missen prokaryoten ook:

* Introns: Prokaryotische genen zijn over het algemeen continu, zonder de niet-coderende regio's die introns worden genoemd en die worden aangetroffen in eukaryotische genen.

* Complexe eiwitmodificatiesystemen: Prokaryoten hebben minder uitgebreide eiwitmodificatiemachines dan eukaryoten.

Deze verschillen in structuur en organisatie dragen bij aan de verschillende kenmerken van prokaryoten, waardoor ze unieke en zeer succesvolle organismen zijn.