* Lage ATP-opbrengst: Fermentatie produceert een zeer kleine hoeveelheid ATP vergeleken met aerobe ademhaling. Terwijl aerobe ademhaling ongeveer 36-38 ATP-moleculen per glucosemolecuul oplevert, produceert fermentatie slechts 2 ATP-moleculen .

* Onvolledige glucoseafbraak: Fermentatie breekt glucose slechts gedeeltelijk af, waardoor veel potentiële energie onbenut blijft. Dit betekent dat een groot deel van de energie die in glucose is opgeslagen, niet wordt gebruikt voor de productie van ATP.

* Productie van afvalproducten: Bij fermentatie ontstaan afvalproducten zoals melkzuur (bij dieren) of ethanol (bij gist). Deze bijproducten kunnen in hoge concentraties schadelijk zijn en kunnen zelfs bijdragen aan spiervermoeidheid in het geval van ophoping van melkzuur.

Over het algemeen is fermentatie een minder efficiënte manier om energie op te wekken vergeleken met aerobe ademhaling. Het is een 'back-up'-systeem waarmee organismen kunnen overleven in afwezigheid van zuurstof.