* vergroting: TEM's bieden een veel hogere vergroting dan lichtmicroscopen, zodat u de fijne details van celorganellen en structuren kunt zien.

* resolutie: TEM's hebben een veel betere resolutie dan lichte microscopen, waardoor u kunt onderscheiden tussen zeer kleine en nauw verstandige objecten in de cel.

* dunne secties: TEM's werken door elektronen door een zeer dun plakje van het monster te passeren. Met deze dunheid kunnen de elektronen doorgaan en een afbeelding maken.

* Contrast: TEM's gebruiken zware metalen om het monster te bevlekken, zorgen voor contrast en maken het gemakkelijker om de verschillende structuren in de cel te zien.

Lichtmicroscopen , hoewel nuttig voor het observeren van hele cellen, beperkt zijn in hun vermogen om de interne structuren van een cel op te lossen vanwege de golflengte van zichtbaar licht.

Andere soorten microscopen Zoals het scannen van elektronenmicroscopen (SEMS) uitstekend zijn voor het bestuderen van het oppervlak van cellen en andere objecten, maar ze bieden niet hetzelfde detailniveau voor interne structuren als TEM's.